Als Nachteil bei einem Brennstoffzellenheizgerät kommen die gleichen technologischen Nachteile wie jede andere Gasheizung in Betracht. Zum einen ist der Lebenszyklus des eingebauten Gas-Brennwertkessels genauso wie bei einer üblichen Gasheizung und zum anderen nimmt die Stromproduktion der Brennstoffzelle über die Jahre leicht ab, das nennt man Degradation. Die Degradation beschreibt die Abnahme des elektrischen Wirkungsgrads einer Brennstoffzelle über die Betriebszeit. Das hat seine Ursache in der Betriebsstrategie für die Vitovalor. Diese gibt einen Betrieb mit konstanter Wärmebelastung (Gasinput) und konstantem Gesamtwirkungsgrad vor. Dabei verändert sich über die Lebensdauer das Verhältnis der elektrischer Leistung zur thermischer Leistung. Somit nimmt die elektrische Leistung über die Lebensdauer ab und die Wärmeleistung nimmt zu – die Gesamtleistung bleibt gleich.
Ein weiteres Punkt, der zu berücksichtigen ist, dass die Vitovalor PT 2 alle 2 Tage kurze Intervalle zu Regeneration der Brennstoffzelle benötigt. Deswegen produziert Vitovalor PT2 in diesen 2 Tagen bis zu 45,5 Stunden Strom, nach dieser Zeit regeneriert die Brennstoffzelle für 2,5 Stunden um dann wieder Strom prodizieren zu können. Auch ist zu beachten, dass das Viessmann Gerät eine Raumhöhe vom 2,03 m benötigt; d.h. entsprechende räumliche Verhältnisse erfordert. Ebenso könnte nachteilig bewertet werden, dass ein Gasanschluss benötigt wird.
Nicht zu leugnen sind ebenfalls die Anschaffungskosten, wenn es um den Kauf eines Brennstoffzellenheizsystems geht. Im Vergleich zu einer normalen, nicht regenerativ einzustufenden Gasheizung, die bei Neuanschaffung zwischen min. 9.000 und 14.000 Euro kosten kann (dies ist abhängig von den jeweiligen individuellen Anlagenbedingungen), liegt der finanzielle Aufwand für eine Brennstoffzelle, beispielsweise die Viessmann Vitovalor PT 2, bei circa 32.000 bis 39.000 Euro. Dabei kostet das Brennstoffzellen Heizsystem selbst zwischen 20.000 und 25.000 Euro. Hinzu kommt die Installation der Anlage, die mit ca. 3.000 bis 4.500 Euro zu Buche schlagen kann und die Kosten der weiteren Installationsmaterialien- Abgassystem, Rohrleitungen etc. nach Aufwand je nach örtlichen Gegebenheiten.
Gleichwohl gibt es attraktive staatliche Förderung von 11.200€ – zum Beispiel bei einer Viessmann PT 2 Anlage, die die höheren Anschaffungskosten teilweise kompensiert. Bei anderen Systemen kann es höhere Förderungen geben – je nach eingesetzter Brennstoffzellen. Ein neuer Gasanschluss kann auch ein zusätzlicher Kostenfaktor sein, wenn dieser nicht vorhanden ist. Er verursacht je nach Versorgungsgebiet Kosten zwischen 1.000 und 3.000€.
Sicherlich gibt es auch den Nachteil, dass es zu wenig Daten für Langzeiterfahrungen wie bei Standardheizungen gibt. Allerdings hat der Brennstoffzellenhersteller Panasonic mehr als 300.000 Brennstoffzellen installiert. Viessmann gibt als Laufzeitgarantie der Panasonic Brennstoffzellen minimum 80.000 Betriebsstunden an. Ebenso wird noch ein fossiler Energieträger – Erdgas eingesetzt, gleichwohl ist die Brennstoffzelle in der Lage umweltfreundlichen Wasserstoff zu verarbeiten.
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